1998年，香港大学创立全球学生交换计划，为本科生创造在世界各国生活和学习的机会，并予所有交换生以支援。香港大学同时还是Universitas 21联盟的创始成员，这个联盟旨在推进各个成员间的交流合作并促进自身的国际化水平。
2012年4月26日在上海复旦大学光华楼，“香港大学千人内地交流计划”启动仪式举行。“香港大学千人内地交流计划”是港大2012年着力发展的新项目，其缘于李克强总理出席港大百周年校庆典礼时，宣布由2012年开始，中央政府会成立专项资金，每年支持1000名港大学生和老师到内地去学习、考察和开展科研工作，加强中港两地教育交流。
2013年2月1日，香港大学与浙江大学、清华大学签署合作草案，加入“感染性疾病诊治协同创新中心”，与两所大学和中国疾病预防控制中心等国内的科研单位和学者，在人才交流﹑研究生培养﹑分享研究资源等多方面展开合作。
